Agar manfaat gizi jamur shimeji tetap maksimal, pengolahannya sebaiknya sederhana. Cukup cuci bersih, lalu tumis sebentar, rebus dalam sup, atau kukus.
Hindari memasak terlalu lama karena bisa membuat teksturnya hilang dan beberapa nutrisi larut.
Jamur shimeji juga cocok dipadukan dengan sayuran hijau, tahu, atau daging tanpa lemak untuk menghasilkan hidangan yang seimbang.