Danau tiga warna atau Danau Kelimutu ini bukanlah danau, melainkan kawah yang berada di atas Gunung Kelimutu, Ende, Flores.
Karena bentuknya besar dan dipenuhi dengan air yang mengisi kawah dan mirip danau, kawah ini pun banyak disebut sebagai Danau Kelimutu.
Keindahan Danau Kelimutu semakin mempercantik gunung itu. Danau tersebut bagaikan mahkota gunung ini memiliki warna air yang terang dan seringkali berubah-ubah seiring perjalanan waktu.
Dulu, Danau Kelimutu memiliki warna hijau muda, merah dan hitam. Tapi kini, Danau Kelimutu memiliki warna biru, biru muda, dan hitam.
Hal ini terjadi karena ternyata perubahan tersebut berasal dari mikroorganisme yang berada di dalam air.