Ketika Kerajaan Pajang menyerang Demak, terdapat sekitar 24 orang keturunan Pangeran Trenggono (atau juga keturunan Raden Fatah) berhijrah ke Palembang yang dipimpin oleh Ki Gede Sedo ing Lautan.
Pada tahun 1547, Ki Gede Sedo Ing Lautan menempati posisi Kerajaan Palembang yang telah lama vakum sebagai raja ke-2. Ia berkuasa hingga tahun 1552.
Salah seorang suro (perwira) Kerajaan Demak bernama Ki Gede Ing Suro yang juga ikut dalam rombongan Ki Gede Sedo Ing Lautan kemudian menjadi raja ke-3 di Kerajaan Palembang (1552-1573).
Meski sudah hijrah ke luar Jawa, ia dan para keturunannya masih memiliki ikatan ideologis dengan pusat keraton di Jawa hingga zaman Mataram.
BACA JUGA:Explore Keindahan Wisata Alam Lampung: Dari Pantai Hingga Hutan Asri
Setelah Jaka Tingkir wafat, Kerajaan Pajang kemudian dipimpin oleh Arya Pangiri. Pada masa kepemimpinannya, terjadi pergolakan politik yang amat pelik.
Kerajaan Pajang diserang oleh kekuatan massal yang terdiri dari Pangeran Benowo (putra Jaka Tingkir yang tersingkir) dan kekuatan Mataram (dipimpin Panembahan Senapati atau Senapati Mataram, putra Kyai Ageng Pemanahan atau Kyai Gede Mataram).
Arya Pangiri kemudian dapat dikalahkan oleh Senapati Mataram, yang menyebabkan terjadinya pemindahan Keraton Pajang ke Mataram pada tahun 1587.
Tahun ini dikenal sebagai awal berdirinya Kerajaan Mataram. Pangeran Mataram merupakan keturunan dari Raden Fatah dan Raden Trenggono.
BACA JUGA:Wisata Alam Taman Langit Tangkeban: Alternatif Liburan Seru dengan Suasana yang Asri
Adanya pertalian darah inilah yang menyebabkan terjadinya hubungan yang baik antara Kerajaan Palembang dan Kerajaan Mataram pada saat itu.
Hubungan tersebut masih terjalin erat hingga masa kekuasaan Raja Amangkurat I (raja ke-4). Di samping itu, hubungan kedua kerajaan tersebut juga dalam bentuk kerjasama.
Hingga akhir tahun 1677, Kerajaan Palembang masih setia kepada Kerajaan Mataram yang dianggap sebagai pelindungnya, terutama dari serangan Kerajaan Banten yang telah dilakukan sejak tahun 1596.
Pada tahun 1610, Kerajaan Palembang pernah melakukan kontak dengan VOC, walaupun pada awalnya VOC enggan berhubungan dengan Kerajaan Palembang.
BACA JUGA:Terkenal Banyak Hombreng, Begini Tradisi Pernikahan untuk Pengantin di Thailand
Semasa pemerintahan Pangeran Sideng Kenayan, telah dibuka Kantor Perwakilan Dagang VOC (Factorij) di Palembang, yaitu melalui perantara Gubernur Jendral di Batavia, Jacob Specx (1629-1632).