Aktivitas pertanian yang tidak ramah lingkungan dan penggunaan bahan kimia di sekitar danau menjadi ancaman serius bagi keberlanjutan danau ini.
Berbagai pihak, termasuk pemerintah daerah, lembaga lingkungan, dan masyarakat lokal telah berupaya melakukan konservasi dan revitalisasi Danau Tempe.
Program reboisasi, pembersihan enceng gondok, serta edukasi lingkungan kini mulai digalakkan untuk menjaga keberlangsungan danau sebagai sumber daya alam dan warisan budaya.