Secara tak sengaja Tim menemukan botol berisikan gas ungu misterius di kantor Harry. Botol tersebut dikenal dengan sebutan “R”.
Tiba-tiba Tim dan Pikachu diserang kawanan Aipom. Aipom merupakan jenis Pokemon yang ramah dan tidak berbahaya. Karena pengaruh gas R mereka menjadi gila.
BACA JUGA:Film A Part Of You, Kisah Remaja Penuh Drama Yang Mengharukan
Misi Penyelidikan Kematian Harry Goodman
Kerja sama Pikachu dan Tim untuk mengungkap kematian Harry membuat alur cerita Pokemon Detective Pikachu jadi semakin menarik. Pikachu menyakinkan Tim bahwa ayahnya masih hidup.
Karena mayat ayahnya Tim tidak pernah ditemukan setelah kecelakaan itu.
Mereka kemudian menemui informan Harry, Tuan Mime. Tuan Mime menyuruh mereka untuk datang ke arena pertarungan Pokemon illegal.
Setibanya mereka, polisi sudah mengamankan arena pertarungan. Tim dan Pikachu di bawa ke Yoshida dari Yoshida memperlihatkan rekaman kecelakaan Harry.
BACA JUGA:Sinopsis Film Clash of the Titans, Petualangan Perseus Melawan Hades
Dari rekaman tersebut ia menyimpulkan jika Harry tidak mungkin selamat. Tim dan Pikachu belum juga menemukan titik terang dari kasus yang menimpa Ayahnya Tim.
Sehabis dari Yoshida, mereka mendapatkan informasi dari Howard Clifford, pencipta Ryme City.
Howard memberitahukan Tim dan Pikachu jika hilangnya Harry karena ulah Pokemon hasil rekayasa genetika bernama Mewtwo. Ia telah menghapus ingatan Pikachu tentang kejadian yang menimpa Harry.
Howard mengingatkan Tim dan Pikachu untuk tidak gegabah dalam mengambil suatu keputusan. Hal itu karena putranya Roger Clifford adalah dalang dari gas ungu misterius R.
BACA JUGA:Sinopsis Exhuma, Film Horor Korea Box Office Terlaris
Tim dan Pikachu ke tempat laboratorium genetika yang sebelumnya diselidiki oleh Harry.
Disaat mengumpulkan barang bukti, mereka diserang oleh Greninja yang semakin kuat karena pengaruh peningkatan genetik.