T.C. Pfizenmaier berargumen bahwa Newton berpegang kepada pandangan Ortodoks Timur tentang trinitas, bukannya pandangan Barat yang dipegang oleh Katolik Roma, Anglikan dan kebanyakan Kristen Protestan.
Namun pandangan seperti ini "telah kehilangan pendukung akhir-akhir ini dengan ketersediaan risalah teologi Newton",[ dan saat ini kebanyakan sarjana mengidentifikasi Newton sebagai monoteis antitrinitarian.
"Di mata Newton, menyembah Kristus sebagai Tuhan sama dengan penyembahan berhala, yang di matanya merupakan dosa mendasar".
Sejarawan Stephen Snobelen menyebutkan, "Isaac Newton adalah pembelot, Tetapi ... dia tidak pernah menyatakan kepercayaan pribadinya secara terbuka—yang akan dianggap oleh kaum ortodoks sebagai radikal ekstrem.
Dia menyembunyikan kepercayaannya begitu baiknya sehingga para sarjana masih menguraikan seluk-beluk kepercayaan pribadinya.
BACA JUGA:Strategi Perang Kuno dalam Sejarah Dunia, Bikin Kaget Dahulu Ada Bom Ular Berbisa
Snobelen menyimpulkan Newton paling tidak adalah simpatisan Socinianisme (dia memiliki dan telah membaca dengan saksama paling tidak delapan buku Socinianisme.
Pada masa yang terkenal tidak toleran beragama, hanya sedikit ekspresi publik pandangan radikal Newton, terutama penolakannya untuk menerima pentahbisan dan, di ranjang kematiannya, menerima sakramen yang ditawarkan kepadanya.
Meskipun hukum gerakan dan hukum gravitasi universalnya menjadi penemuan yang paling terkenal dari Newton, dia memperingatkan terhadap penggunaannya untuk memandang alam semesta hanya sebagai mesin, seperti jam besar.
Dia mengatakan, "Gravitasi menerangkan gerakan planet-planet, namun tidak dapat menerangkan siapa yang menggerakkannya pertama kali. Tuhan mengatur semua hal dan mengetahui apa saja yang ada atau dapat dilakukan."
BACA JUGA:Menelusuri Jejak Maluku Dalam Sejarah Dunia, Pulau Yang Dipenuhi Benteng VOC
Beserta dengan kemasyhurannya di dunia ilmiah, studi Newton tentang Alkitab dan Bapa Gereja awal juga patut dicatat. Newton menulis karya-karya kritik tekstual, yang paling terkenal adalah An Historical Account of Two Notable Corruptions of Scripture.
Dia menempatkan penyaliban Yesus Kristus pada tanggal 3 April 33 M, yang cocok dengan salah satu tanggal yang diterima secara tradisional. Dia juga berusaha tanpa hasil menemukan pesan-pesan tersembunyi di dalam Alkitab.
Newton percaya terhadap dunia yang imanen secara rasional, tetapi dia menolak hilozoisme yang tersirat dalam pemikiran Leibniz dan Baruch Spinoza. Alam yang teratur dan dimaklumkan secara dinamis dapat dipahami, dan mestinya dipahami, dengan akal aktif.
Dalam surat-menyuratnya, Newton mengklaim bahwa dalam menulis Principia "Saya memandang prinsip-prinsip tersebut sebagai karya besar dengan mempertimbangkan manusia untuk kepercayaan terhadap Tuhan".