Memainkan kebencian orang Indonesia terhadap kolonialisme Belanda selama berpuluh-puluh tahun, Jepang “membedakan antara orang Indonesia lainnya dengan orang Ambon Kristen yang dipandang sebagai asisten, kroni, tangan besi Belanda.
Ada banyak pembunuhan dan penyiksaan yang dilakukan (terhadap orang Maluku) oleh polisi rahasia Jepang." Kaum nasionalis Indonesia bekerja sama dengan pemerintah Jepang, yang memberi mereka kebebasan dalam menjalankan urusan dalam negeri Indonesia.
Pada tahun 1944, ketika sudah jelas bahwa Jepang pada akhirnya akan kalah perang, kaum nasionalis Indonesia bergegas untuk memperoleh kemerdekaan sebelum Belanda dapat memulihkan sistem kolonial mereka di kepulauan tersebut.
Dua hari setelah Jepang menyerah pada tanggal 15 Agustus 1945, kaum nasionalis memproklamasikan kemerdekaan Republik Indonesia dengan Sukarno sebagai presidennya.
BACA JUGA:Mengupas 5 Adat Tradisi Maluku yang Masih Dijalankan Hingga Kini
“Maka,” menurut Manuhuttu, “satu perang berakhir dan perang lainnya dimulai,” yang merupakan 'Perang Dekolonisasi' yang mempertemukan kaum nasionalis Indonesia, terutama dari pulau Jawa di Indonesia tengah, melawan Belanda, yang didukung oleh orang-orang Maluku.
Setelah beberapa tahun mengalami kegagalan dan perjuangan gerilya yang sengit, Belanda, yang tertekan oleh sikap anti-kolonialisme Amerika Serikat dan PBB pascaperang yang kuat, akhirnya merundingkan pembentukan negara federal yang merdeka di Indonesia pada tahun 1949.
Perjanjian dari Konferensi Meja Bundar menjamin otonomi yang cukup besar bagi masing-masing negara bagian Indonesia serta kepentingan komersial Belanda di Batavia.
Namun negara federalis ini hanya bertahan beberapa bulan, ketika kaum nasionalis Indonesia menghapuskan sistem pembagian kekuasaan federalis dan menggantinya dengan pemerintahan kesatuan yang didominasi oleh Pulau Jawa.
Salah satu reaksi terhadap kerasnya nasionalisme Indonesia (Jawa), perasaan nasionalis di kalangan masyarakat Maluku juga meningkat. Selama perang, banyak warga Maluku yang sangat menderita di tangan penjajah Jepang, sementara kaum nasionalis Indonesia bekerja sama dengan Jepang.
Masing-masing kelompok saling menyalahkan karena berkolaborasi dengan musuh. Karena keikutsertaan mereka dalam operasi militer melawan Republik Indonesia yang masih muda, orang-orang Maluku disebut 'Belanda Hitam', 'anjing pelacak orang kulit putih' dan 'pengkhianat' oleh orang Indonesia.
“Setelah Indonesia mengubah struktur federal Indonesia Serikat menjadi Negara Kesatuan Republik Indonesia [sehingga memaksakan kendali Jawa atas seluruh Indonesia], kaum nasionalis Maluku memutuskan untuk mengambil nasib mereka sendiri”, kata Wim Manuhuttu.
"Dan pada tanggal 25 April 1950 mereka memproklamasikan Republik Maluku Selatan (RMS), merdeka penuh dari Indonesia,” imbuhnya.
BACA JUGA:Memiliki Ritual Unik, Inilah Daftar 5 Upacara Adat Suku Maluku Yang Terkenal!
Namun kemerdekaan Maluku tidak akan bertahan lama, karena pasukan Indonesia dengan cepat menyerbu pulau-pulau tersebut, merebut kota-kota dan instalasi serta memaksa RMS melakukan perang gerilya yang berdarah-darah.