Dilihat dari banyaknya reruntuhan Gunung Penanggungan, bisa jadi situs tersebut adalah gunung itu sendiri.
Berdasarkan data penelitian tim arkeologi yang dilakukan selama dua tahun (2012-2014), telah ditemukan 116 situs atau artefak arkeologi, mulai dari kaki gunung hingga puncak gunung.