Setelah Jaka Tingkir wafat, Kerajaan Pajang kemudian dipimpin oleh Arya Pangiri. Pada masa kepemimpinannya, terjadi pergolakan politik yang amat pelik.
Kerajaan Pajang diserang oleh kekuatan massal yang terdiri dari Pangeran Benowo (putra Jaka Tingkir yang tersingkir) dan kekuatan Mataram (dipimpin Panembahan Senapati atau Senapati Mataram, putra Kyai Ageng Pemanahan atau Kyai Gede Mataram).
Arya Pangiri kemudian dapat dikalahkan oleh Senapati Mataram, yang menyebabkan terjadinya pemindahan Keraton Pajang ke Mataram pada tahun 1587.
Tahun ini dikenal sebagai awal berdirinya Kerajaan Mataram. Pangeran Mataram merupakan keturunan dari Raden Fatah dan Raden Trenggono.
BACA JUGA:Pendekar Sakti Tanah Jawa, Sakti Mandraguna Salah Satu Pendiri Kerajan Besar Pertama di Nusantara!
Adanya pertalian darah inilah yang menyebabkan terjadinya hubungan yang baik antara Kerajaan Palembang dan Kerajaan Mataram pada saat itu.
Hubungan tersebut masih terjalin erat hingga masa kekuasaan Raja Amangkurat I (raja ke-4). Di samping itu, hubungan kedua kerajaan tersebut juga dalam bentuk kerjasama.
Hingga akhir tahun 1677, Kerajaan Palembang masih setia kepada Kerajaan Mataram yang dianggap sebagai pelindungnya, terutama dari serangan Kerajaan Banten yang telah dilakukan sejak tahun 1596.
Pada tahun 1610, Kerajaan Palembang pernah melakukan kontak dengan VOC, walaupun pada awalnya VOC enggan berhubungan dengan Kerajaan Palembang.
BACA JUGA:Karma yang Harus Ditanggung Keturunan Adipati Cepu, Karena Membuat Murka Prabu Brawijaya
Semasa pemerintahan Pangeran Sideng Kenayan, telah dibuka Kantor Perwakilan Dagang VOC (Factorij) di Palembang, yaitu melalui perantara Gubernur Jendral di Batavia, Jacob Specx (1629-1632).
Pada tahun 1659, Keraton Kuta Gawang beserta benteng-bentengnya hancur akibat diserbu oleh VOC. Hancurnya keraton tersebut sebagai pertanda berakhirnya eksistensi Kerajaan Palembang.
Kehancuran tersebut berpengaruh pada pemindahan keraton dan pemukiman penduduk ke arah yang lebih ke hulu, yang terletak antara Sungai Rendang dan Sungai Tengkuruk.
Daerah ini kemudian dikenal dengan istilah Beringin Janggut. Keraton Kuta Gawang kini berada di kompleks PT Pusri, Kota Palembang, Provinsi Sumatera Selatan, Indonesia.
BACA JUGA:Karma yang Harus Ditanggung Keturunan Adipati Cepu, Karena Membuat Murka Prabu Brawijaya
Dari bentuknya, keraton ini menandai adanya akulturasi kebudayaan antara budaya Jawa dan Melayu, yang kemudian disebut dengan kebudayaan Palembang.