Perebutan kekuasaan ini menyebabkan terjadi pertumpahan darah antar saudara. Pangeran Seda ing Lepen dibunuh oleh Pangeran Prawata.
Sebagai buntut dari peristiwa ini, Pangeran Prawata beserta keluarganya dibunuh oleh anak Pangeran Seda ing Lepen yang bernama Arya Penangsang atau Arya Jipang.
Menantu Raden Trenggono yang bernama Pangeran Kalinyamat dari Jepara juga dibunuh. Pertumpahan tidak berhenti di sini, bahkan masih berlanjut.
Pada tahun 1549, Arya Penangsang dibunuh oleh Adiwijaya yang juga seorang menantu dari Pangeran Trenggono atau terkenal dengan sebutan Jaka Tingkir yang ketika itu menjabat Adipati Kerajaan Pajang.
Pada masa Jaka Tingkir ini, Keraton Demak dipindahkan ke Pajang akibat serangan Kerajaan Pajang.
Perpindahan ini sebagai pertanda berakhirnya kekuasaan Kerajaan Demak yang berdiri sejak tahun 1481 hingga tahun 1546.
Ketika Kerajaan Pajang menyerang Demak, terdapat sekitar 24 orang keturunan Pangeran Trenggono (atau juga keturunan Raden Fatah) berhijrah ke Palembang yang dipimpin oleh Ki Gede Sedo ing Lautan.
BACA JUGA:Misteri Tersembunyi, Kepergian Misterius 3 Pendekar Sakti Tanah Jawa, Kemana Mereka?
Pada tahun 1547, Ki Gede Sedo Ing Lautan menempati posisi Kerajaan Palembang yang telah lama vakum sebagai raja ke-2. Ia berkuasa hingga tahun 1552.
Salah seorang suro (perwira) Kerajaan Demak bernama Ki Gede Ing Suro yang juga ikut dalam rombongan Ki Gede Sedo Ing Lautan kemudian menjadi raja ke-3 di Kerajaan Palembang (1552-1573).
Meski sudah hijrah ke luar Jawa, ia dan para keturunannya masih memiliki ikatan ideologis dengan pusat keraton di Jawa hingga zaman Mataram.
Setelah Jaka Tingkir wafat, Kerajaan Pajang kemudian dipimpin oleh Arya Pangiri. Pada masa kepemimpinannya, terjadi pergolakan politik yang amat pelik.
Kerajaan Pajang diserang oleh kekuatan massal yang terdiri dari Pangeran Benowo (putra Jaka Tingkir yang tersingkir) dan kekuatan Mataram (dipimpin Panembahan Senapati atau Senapati Mataram, putra Kyai Ageng Pemanahan atau Kyai Gede Mataram).
BACA JUGA:Ini Fakta dan Sejarah Mistis Arkeolog Gunung Padang, Ada Apa?