Arya Pangiri kemudian dapat dikalahkan oleh Senapati Mataram, yang menyebabkan terjadinya pemindahan Keraton Pajang ke Mataram pada tahun 1587.
Tahun ini dikenal sebagai awal berdirinya Kerajaan Mataram. Pangeran Mataram merupakan keturunan dari Raden Fatah dan Raden Trenggono.
Adanya pertalian darah inilah yang menyebabkan terjadinya hubungan yang baik antara Kerajaan Palembang dan Kerajaan Mataram pada saat itu.
Hubungan tersebut masih terjalin erat hingga masa kekuasaan Raja Amangkurat I (raja ke-4). Di samping itu, hubungan kedua kerajaan tersebut juga dalam bentuk kerjasama.
BACA JUGA:Lakukan Penolakan Penjajahan Belanda Dengan Cara Damai, Beginilah Isi Ajaran yang ada di Suku Samin
Hingga akhir tahun 1677, Kerajaan Palembang masih setia kepada Kerajaan Mataram yang dianggap sebagai pelindungnya, terutama dari serangan Kerajaan Banten yang telah dilakukan sejak tahun 1596.
Pada tahun 1610, Kerajaan Palembang pernah melakukan kontak dengan VOC, walaupun pada awalnya VOC enggan berhubungan dengan Kerajaan Palembang.
Semasa pemerintahan Pangeran Sideng Kenayan, telah dibuka Kantor Perwakilan Dagang VOC (Factorij) di Palembang, yaitu melalui perantara Gubernur Jendral di Batavia, Jacob Specx (1629-1632).
Pada tahun 1659, Keraton Kuta Gawang beserta benteng-bentengnya hancur akibat diserbu oleh VOC. Hancurnya keraton tersebut sebagai pertanda berakhirnya eksistensi Kerajaan Palembang.
Kehancuran tersebut berpengaruh pada pemindahan keraton dan pemukiman penduduk ke arah yang lebih ke hulu, yang terletak antara Sungai Rendang dan Sungai Tengkuruk.
Daerah ini kemudian dikenal dengan istilah Beringin Janggut. Keraton Kuta Gawang kini berada di kompleks PT Pusri, Kota Palembang, Provinsi Sumatera Selatan, Indonesia.
Dari bentuknya, keraton ini menandai adanya akulturasi kebudayaan antara budaya Jawa dan Melayu, yang kemudian disebut dengan kebudayaan Palembang.
Setelah kehancuran Kerajaan Palembang, maka lahirlah Palembang yang memiliki kepribadian sendiri dan merasakan hak kemerdekaan sendiri pula, yaitu Kesultanan Palembang Darussalam.
BACA JUGA:Kilasan Sejarah Kerajaan Inggris: Perjalanan Panjang Para Ratu dan Rajanya
Pada tahun 1659, di Palembang juga berdiri sebuah kesultanan yang memiliki corak tersendiri dan berbeda dengan Kerajaan Palembang sebelumnya, yaitu Kesultanan Palembang Darussalam.