Sebagai bekas pusat pemerintahan Kerajaan Mataram Islam, Kotagede juga memiliki sejumlah situs sejarah penting, seperti makam pendiri kerajaan, altar raja, Masjid Besar Mataram, dan Seliran, tempat mandi para selir raja.
Tata kota Kotagede masih mengikuti pola tradisional Jawa yang meliputi istana, alun-alun, masjid, dan pasar.
Beragam rumah tradisional seperti panggang-pe, limasan, dan joglo masih banyak ditemukan, meskipun beberapa mulai digantikan bangunan modern atau mengalami kerusakan akibat gempa bumi di DIY pada Mei 2006.
BACA JUGA:Mengenal Gunung Sumantri: Simbol Kejayaan dan Warisan Sejarah di Tanah Papua
BACA JUGA:Mengungkap Kisah Mistis dan Spiritualitas Gunung Pakuwojo: Warisan Sejarah dari Tanah Jawa
Sayangnya, perhatian terhadap pelestarian rumah joglo sebagai bagian dari cagar budaya masih terbatas.
Padahal, Kotagede menarik banyak peneliti dari berbagai negara yang ingin mempelajari kebudayaan dan sejarahnya, menegaskan betapa pentingnya Kotagede sebagai warisan budaya yang bernilai tinggi secara internasional.