Setelah bertahun-tahun terjadi konflik bersenjata, perjanjian damai akhirnya dicapai pada tahun 2005, dengan pengawasan negara-negara ASEAN dan Uni Eropa.
5. Riau Merdeka
Gerakan ini muncul pada tahun 1999, sebagai bentuk protes terhadap pembagian hasil minyak di Riau.
Seiring dengan pembangunan di Riau, gerakan ini secara perlahan mulai menghilang.
6. Sulawesi Merdeka
Gerakan ini diprakarsai oleh mahasiswa di Makassar pada tahun 1999, dengan tujuan memisahkan Sulawesi dari Indonesia.
Namun, gerakan ini tidak berlangsung lama dan akhirnya memudar seiring stabilisasi situasi politik.
7. Gerakan Bali Merdeka (GBM)
GBM muncul sebagai tanggapan atas keinginan otonomi khusus di Bali. Pada tahun 2006, gerakan ini sempat mencuat, tetapi kuatnya nasionalisme di Bali menyebabkan gerakan tersebut menghilang.
8. Gerakan Minahasa Merdeka
Dibentuk pada tahun 2006, gerakan ini didorong oleh kekecewaan terhadap kebijakan pemerintah pusat.
Namun, gerakan ini tidak berkembang luas karena rasa nasionalisme yang kuat di Minahasa.
9. Jamaah Ansharut Tauhid (JAT)
Kelompok ini didirikan pada tahun 2008 dan terlibat dalam aksi terorisme.
JAT berusaha mendirikan negara Islam, namun terus ditekan oleh aparat keamanan Indonesia.
10. Borneo Merdeka