GAM lahir pada tahun 1976 dengan tujuan memisahkan Aceh dari Indonesia.
Setelah bertahun-tahun terjadi konflik bersenjata, kesepakatan damai dicapai pada tahun 2005, disaksikan oleh negara-negara ASEAN dan Uni Eropa.
5. Riau Merdeka
Gerakan ini muncul pada tahun 1999, dipicu oleh ketidakpuasan terhadap pembagian hasil minyak di Riau.
Seiring perkembangan industri minyak dan pembangunan di Riau, gerakan ini perlahan meredup.
6. Sulawesi Merdeka
Berawal dari aksi mahasiswa di Makassar pada tahun 1999, gerakan ini menuntut pemisahan Sulawesi dari Indonesia.
Namun, gerakan ini tidak bertahan lama dan akhirnya menghilang seiring dengan stabilisasi situasi politik di wilayah tersebut.
7. Gerakan Bali Merdeka (GBM)
GBM muncul sebagai respon terhadap tuntutan otonomi khusus di Bali dan kekhawatiran akan kebijakan pemerintah pusat.
Pada 2006, gerakan ini sempat mencuat, tetapi dengan tingginya nasionalisme di Bali, gerakan tersebut lambat laun menghilang.
8. Gerakan Minahasa Merdeka
Muncul pada tahun 2006 di Sulawesi Utara, gerakan ini dipicu oleh kekecewaan terhadap kebijakan pemerintah pusat. Namun, gerakan ini tidak berkembang luas karena nasionalisme yang kuat di kalangan masyarakat Minahasa.
9. Jamaah Ansharut Tauhid (JAT)
Kelompok ini didirikan pada tahun 2008 dan terkait dengan aksi terorisme di Indonesia.
JAT mendukung berdirinya negara Islam dan terlibat dalam beberapa insiden kekerasan, namun terus ditekan oleh aparat keamanan.