Versi ini menyebutkan bahwa Syekh Siti Jenar dihukum mati oleh Sultan Demak, Raden Fatah, atas persetujuan Dewan Wali Songo yang dipimpin oleh Sunan Bonang.
Sunan Kalijaga bertindak sebagai algojo dalam eksekusi yang berlangsung di alun-alun Kesultanan Demak.
Dalam versi ini, hukuman mati dilakukan dengan cara pemancungan.
Pembunuhan oleh Sunan Giri
BACA JUGA:Inilah Misteri dan Mitos Gunung Dempo, Salah Satunya Ada Mitos Kayu Panjang Umur
Dalam "Babad Demak", diceritakan bahwa Syekh Siti Jenar dibunuh oleh Sunan Giri.
Keris ditusukkan ke tubuh Syekh Siti Jenar hingga tembus ke punggung, mengucurkan darah berwarna kuning.
Setelah mengetahui kematian suaminya, istri Syekh Siti Jenar menuntut balas kepada Sunan Giri, namun Sunan Giri menjelaskan bahwa kematian tersebut sebenarnya adalah kehendak Syekh Siti Jenar sendiri.
Kejadian Ajaib di Babad Tanah Jawi
BACA JUGA:Tara Emas, Misteri dan Sejarah Artefak Berharga Yang Berhasil Ditemukan
"Babad Tanah Jawi", yang disadur oleh S. Santoso, menceritakan bahwa Syekh Siti Jenar terbang ke surga, namun tubuhnya kembali ke masjid.
Para ulama yang menyaksikan kejadian ini awalnya terkesima, namun kemudian marah karena merasa dihina.
Sunan Giri kemudian memutuskan untuk menikam tubuh Syekh Siti Jenar dengan pedang dan membakarnya.
Versi Wawacan Sunan Gunung Jati
BACA JUGA:Mengintip Misteri Cepuri, Kisah Pertemuan Legendaris di Pantai Parangkusumo
Dalam buku "Wawacan Sunan Gunung Jati" Pupuh ke-39, dikisahkan bahwa Syekh Siti Jenar dijatuhi hukuman mati oleh Sunan Gunung Jati di Masjid Ciptarasa Cirebon.