Meski berhasil mempersatukan wilayah Nusantara, Majapahit tidak bisa menguasai Pajajaran atau Sunda yang kecil.
Kerajaan Sunda bukanlah kerajaan lemah.
Pusat pemerintahan atau ibu kota terakhir Pajajaran sebelum hancur oleh pasukan Islam dari Demak dan Banten berada di sebuah kota bernama Dayo.
Para ahli meyakini, Dayo yang dimaksud adalah kawasan yang meliputi Kabupaten Bogor dan Kota Bogor di Jawa Barat saat ini.
Raja memiliki istana yang sangat megah, dibangun dengan 330 pilar kayu setinggi lima depa, dengan ukiran indah di atasnya.
Kemudian pada 1856, Administrator orientalis dan kolonial John Crawfurd (1783-1868), berhasil memecahkan soal misteri lokasi Kota Dayo.
Lokasi Keraton Pakuan terletak pada lahan lemah duwur.
BACA JUGA:Ini Sejarah Kerajaan Pajajaran! Menang Lawan Majapahit, Akan Tetapi Takluk Dengan Kesultanan Banten
Yakni di atas bukit yang diapit oleh tiga batang sungai berlereng curam, yakni Cisadane, Ciliwung (Cihaliwung) dan Cipaku (anak Cisadane).
Kemudian, di tengahnya mengalir Sungai Cipakancilan yang ke bagian hulu sungainya bernama Ciawi.
Pakuan terlindung oleh lereng terjal pada ketiga sisinya, namun di sisi tenggara kota berbatasan dengan tanah datar dan terdapat benteng (kuta) yang paling besar, pada bagian luar benteng terdapat parit yang merupakan bentuk negatif dari benteng tersebut.
Tanah galian parit itulah yang diperkirakan untuk dijadikan bahan pembangunan benteng.
Ibu Kota Pajajaran sempat berpindah-pindah dari Galuh, Pakuan, Saunggalah, Pakuan, Kawali, dan Pakuan.
Ibu kota Pajaran dibagi ke dalam dua bagian, yaitu Kota bagian Dalam dan Kota bagian Luar.