Ia digadang-gadang menjadi penerus Kesultanan Demak. Maka sejak Gadis, Ia sudah dipercaya oleh ayahnya, Raja Trenggono untuk memimpin Kadipaten Jepara dengan wilayah kekuasaan meliputi Jepara, Kudus, Pati, Rembang dan Blora.
Dalam Babad Tanah Jawa dikisahkan, Sunan Prawata, kakak Ratu Kalinyamat yang menggantikan tahta Raja Trenggono di tahun 1549 ditemukan terbunuh dengan keris Setan Kober yang menancap di dadanya.
Ratu Kalinyamat yang mengetahui keris itu merupakan milik Arya Penangsang, murid Sunan Kudus, Ia pun segera berangkat ke Kudus minta penjelasan.
Sayangnya, Ia tak mendapat jawaban yang memuaskan. Sunan Kudus malah memberikan jawaban yang tak bijak dengan mengatakan, semasa muda Sunan Prawata pernah membunuh Pangeran Surowiyoto alias Sekar Seda Lepen yak tak lain ayah Arya Penangsang. Menurutnya, wajar jika saat ini Sunan Prawata mendapat balasannya.
BACA JUGA:Makin Heboh! Selain Kampung Janda, Ternyata juga Ada Kampung Nikah Siri di Bogor
Mendapat jawaban itu, mereka bergegas pulang ke Jepara.
Namun di tengah perjalanan, Pangeran Kalinyamat dan Ratu Kalinyamat dihadang oleh kelompok Arya Penangsang yang ingin merebut tahta Kesultanan Demak usai peninggalan Raja Trenggono.
Dan Sunan Kudus adalah salah satu pendukung Arya Penangsang.
Peperangan antara kelompok Arya Penangsang dan Ratu Kalinyamat pun tak terhindarkan, Pangeran Kalinyamat terbunuh dalam peristiwa ini.
Setelah kejadian itu, Kesultanan Demak dikuasai oleh Arya Penangsang dan ibukotanya dipindah ke Jipang. Periode ini terjadi pada tahun 1549 hingga 1554.
BACA JUGA:Bingung Cari Jodoh? Ini Dia 3 Rekomendasi Kampung Janda Di Indonesia
Sementara, Ratu Kalinyamat yang menjadi janda memilih bertapa dan bersumpah tidak akan berhenti hingga Arya Penangsang mati.
Babad Tanah Jawa mengisahkan, dalam perjalanan pulang ke Pajang, rombongan Adipati Pajang, Jaka Tingkir sengaja mendatangi Gunung Danareja, tempat Ratu Kalinyamat bertapa.
Di kesempatan ini, Ratu Kalinyamat meminta Jaka Tingkir untuk membunuh Arya Penangsang. Permintaan ini ditanggapi Jaka Tingkir dengan membuat sayembara.
Barang siapa yang bisa membunuh Arya Penangsang, akan dihadiahi tanah Pati dan Alas Mentaok.
Orangtua angkat Jaka Tingkir, yakni Ki Ageng Pamanahan dan temannya, Ki Panjawi dengan dibantu Ki Juru Mertani pun mendaftar dalam sayembara ini.